A janela que se abre é da Meta, não nossa: é o cadastro oficial do WhatsApp, e ali dentro você dá permissão ao WAIA Connect.
O cadastro oferece dois caminhos, e Coexistence já vem escolhido. A regra que decide é uma só: se o seu número está hoje num celular, é Coexistence. O outro caminho da Meta —Cloud API— faz o número passar a ser 100% API e deixar de ser usado pelo app do celular, e só faz sentido para um número que não está em nenhum celular: uma linha nova, uma central de atendimento, um número virtual. Coexistence não consegue conectar um desses porque precisa escanear um QR pelo app desse número. Se o seu caso é esse, escolha Cloud API no mesmo seletor do cadastro, abaixo de Coexistence. Pense antes: escolher por engano deixa o número sem poder ser usado no celular.
Espere a janela se fechar sozinha. É onde mais travam as tentativas que não terminam. Se você fechar antes, a permissão não chega até nós e o número não fica conectado: não é que demore, é que não aconteceu.
Leva alguns minutos, não trinta segundos. Não feche a aba nem recarregue.
O seu número continua funcionando no celular (em Coexistence). Quem não sabe disso teme perder o WhatsApp e cancela — você não perde: o número continua no app e, além disso, passa a funcionar pela API.
Se algo der errado, o painel diz O QUE aconteceu, não um texto genérico: se você fechou a janela, se o tempo acabou, se voltou sem a permissão, ou se a Meta recusou. E se a Meta já tinha nos dado a permissão, ao tentar de novo nós detectamos e adotamos: não é preciso desconectar nada.
Ali dentro você também pode cadastrar o seu cartão na Meta — é o momento mais cômodo para fazer isso (passo ③).